Gegenstand der Kooperationsanalyse sind die Transkriptionen des institutionellen Ablaufs der verschiedenen Exemplare. Der Ablauf wird (in der dynamischen Dimension generell) als eine Abfolge von sozialen Ereignissen betrachtet. Bei der Kooperationsanalyse erscheinen die sozialen Ereignisse als Beiträge zur Lösung von Arbeitsaufgaben. Ziel dieser Analysephase ist es, Arbeitsaufgaben zu finden, denen mehrere soziale Ereignisse als Lösungen (Beiträge) zuzuordnen sind. Kooperative Aufgaben können per definitionem nicht durch einen Beitrag gelöst werden. Vielmehr liegt echte Kooperation nur dann vor, wenn die Rollen unterschiedliche Beiträge liefern und das direkte Ziel eines Beitrages nicht die Lösung der Arbeitsaufgaben insgesamt ist. Das permanente Problem für die Kooperation ist die Koordinierung der Beiträge. Diese erfolgt durch die Subsumption unter Aufgaben.
Praktisch wird man bei der Suche nach Arbeitsaufgaben immer schon die Abläufe in mehreren Exemplaren vergleiche: Man sucht so lange, bis sich Aufgaben formulieren lassen, die in mehreren Exemplaren immer wieder auftauchen, die immer wieder Ereignisse ordnen, indem sie sie als Beiträge zur Lösung von Aufgaben erscheinen lassen.

Hat man die Aufgaben ermittelt, wendet man sich den Selektionszentren zu. Diese werden in der dynamischen Dimension als soziale Rollen betrachtet, die typische Aufgaben zu erfüllen haben. Man akzeptiert zunächst die Ergebnisse des vorangegangenen Analyseschritts und sucht nach den Selektionszentren / Rollen, die für die Lösung der (ermittelten) Aufgaben zuständig sind. Ziel dieser Analysephase ist es, die Rollen durch die typischen Leistungen zu charakterisieren, durch die sie zur Lösung der Aufgaben beitragen. Je nachdem, ob es sich um die Kooperations-, Kommunikations- oder Interaktionsstruktur handelt, werden dies unterschiedliche Arten von Leistungen sein. Wie schon angesprochen, geht man bei der Analyse davon aus, daß kooperative Aufgaben durch mehrere - mindestens zwei - Rollen gelöst werden, denen jeweils unterschiedliche (komplementäre) Leistungen abverlangt werden.

Die Phase der Kooperationsanalyse ist abgeschlossen, wenn der institutionelle Ablauf zu einer Folge von Aufgaben strukturiert ist. Natürlich kann man eine solche Strukturierung beliebig genau anfertigen. Es empfiehlt sich im ersten Durchgang, nur 'größere' Kooperationsaufgaben anzunehmen und sie relativ grob zu charakterisieren. Man kann die Beschreibungen dann in späteren Phasen der Kooperationsanalyse verfeinern, die Aufgabenstruktur differenzieren. Werden die Aufgaben zu speziell formuliert, lassen sich beim Vergleich mit anderen Exemplaren keine Rekurrenzen finden, werden sie zu grob gewählt, erscheint die Strukturierung des Ablaufs als trivial.

Praktisch wird man sich die Suche nach den Aufgaben durch einen Blick auf die Differenzierungsdimension erleichtern: Man besitzt Hypothesen über die Funktion, die das betreffende Sozialsystem für andere soziale Zusammenhänge hat und weiß, daß diese Funktionen in interne Arbeitsaufgaben umgesetzt werden müssen. Hieraus lassen sich Hypothesen über die Arbeitsaufgaben in der dynamischen Dimension ableiten. Man kann diese Arbeitsaufgaben in Teilaufgaben dekomponieren. Die Teilaufgaben wiederum müssen in einer bestimmten Reihenfolge abgewickelt werden. So lassen sich eine ganze Reihe von Hypothesen bilden, die als Heuristik bei der Kooperationsanalyse verwendet werden können. Das gilt sinngemäß natürlich auch für die Kommunikations - und die Interaktionsanalyse. Ebenso kann der Forscher Hypothesen über die Rollen aus seinem Wissen über die Komplexitätsdimension des sozialen Systems ableiten.