Einen Konsens über die Gemeinsamkeiten und Unterschiede dieser beiden Konzepte gibt es nicht. Häufig scheint der letztere Begriff nur gebraucht zu werden, um sich vor den negativen Konnotationen des ersteren zu schützen. Jenseits der programmatischen Erwartungen zeigt ein Blick in die Praxis, dass die interdisziplinäre Zusammenarbeit projektförmig und problembezogen erfolgt. Interdisziplinarität setzt ein begrenztes Problem voraus, zu dessen Lösung die beteiligten Disziplinen Beiträge leisten. Dies kann ein Problem des Alltags oder von Professionen, Unternehmen u.ä. sein. Jedenfalls ist der Katalysator nicht eine theoretische Fragestellung (formuliert in der Theoriesprache) einer der beteiligten Disziplinen.
Die Zusammenarbeit kann zeitlich und personell ganz unterschiedlich weit ausgedehnt sein. Ingenieurwissenschaften, Ernährungswissenschaften, Gartenbauwissenschaft, Pädagogik u.v.a. Disziplinen haben zwar Projektcharakter in diesem Sinne, sind aber dennoch längerfristige Institutionen. Kurzfristiger und mit geringerem Personal ausgestattet sind die interdisziplinären Forschungsprojekte, die Wissenschaftler unterschiedlicher Disziplinen durchführen.
Es ist eine Überbewertung der Zeitdimension, wenn man, wie etwa N. Luhmann, die zeitliche Begrenzung zum Kriterium der Interdisziplinarität macht. Er hat in dieser Hinsicht von ‘okkasioneller’ und ‘temporärer’ Interdisziplinarität gesprochen.1
Von diesem Formen setzt er die zeitlich nicht begrenzten “transdisziplinären Fächer‘’ (ebd.) ab. Diese sind durch Metatheorien katalysiert, dir für die Objektbereiche mehrerer traditioneller Einzelwissenschaften gelten. Solche allgemeinen Theorien sind bspw. die Kybernetik und die Systemtheorie.2 Ich ziehe es vor, diese Phänomene als ‘Metadisziplin’ zu bezeichnen. Sie werden letztlich von der gleichen axiomatischen Idee zusammengehalten, wie die traditionellen Einzelwissenschaften auch. Sie streben einen homogenen Objektbereich an.

Von transdisziplinären Netzwerken spreche ich dann, wenn verschiedene Disziplinen, auch Metadisziplinen ohne das Ziel zusammenarbeiten, eine homogene Fragestellung zu verfolgen. Transdisziplinäre Netzwerke sind nicht-homogen und werden zu Disziplinen in dem Maße, in dem sie eine homogene Axiomatik ausbilden.
Transdisziplinäre Zusammenarbeit kann praktische oder theoretische Fragen zum Ausgangspunkt haben. Zwischen den beteiligten Disziplinen/Theorien gibt es keine Hierarchie. I. d. R. werden die ‘gleichen’ Fragen durch alle Disziplinen behandelt, so dass sich mehrdimensionale Beschreibungen ergeben.
Gemeinsamkeit soll nicht durch Einigung auf einem Standpunkt und ein homogenes Ergebnis erreicht werden. Ziel sind multidimensionale Beschreibung.
Für diese Form von Wissensschöpfung in transdisziplinären Netzwerken kann die herkömmliche analytische Wissenschaftstheorie wenig Hilfestellung leisten.
Methodologische Anleihen lassen sich eher z.B. bei der Dialogtheorie und -praxis im Projektmanagement und in anderen Kooperationsformen im profit und non-profit-Bereich machen.